按照行政执法以“县区为主、综合设立、局队合一”的模式，市级交通运输执法大队为副处级事业机构，参公管理，对应县区级执法大队为副科级建制，或者正科级机构，队长由交通运输局局长兼任。执法大队实行“局队合一”，以局机关的名义执法，机构性质为事业单位，参公管理，人员必须是具备执法资质的参公人员，最起码是干部身份，符合参公管理规定。
按要求不允许工勤等辅助人员参与执法，全面清退执法队伍中的合同工、临时工，提高执法队伍综合素质，保证执法工作质量。按此要求，县区执法大队设置为科级事业机构，队长由局长兼任，大队设一名或者两名副队长直接负责执法工作，执法大队编制不得少于5名。由于县区基层行政、事业编制紧缺，农业农村、文化旅游、生态环境、市场监管、交通运输五领域执法队伍，基本上都按照5名的编制最低基数设置，以原来的执法人员为班底组建。
公路段（局）整合到执法大队后，连人带编划转，承担执法职能的参公人员，如果条件具备，可以直接连人带编划转到执法大队，继续承担执法任务，保留参公身份。不符合参公身份、不具备执法资质的，包括工勤人员，全部分流到交通运输局其他事业单位。运管局基本上也是按此执行，但其人员编制规模较大，如果全部划转到执法大队，虽然可以保留参公身份，但却容易造成机构臃肿、人浮于事的问题，也容易给地方人员转隶工作造成不良影响。
除此而外，这两个机构整合到地方，在人员转隶方面，还存在两大矛盾：一是机构级别降低，领导职数超编。对于原交通运输局执法大队、公路段（局）、运管局的领导干部来讲，安置就是极大的问题。这三个机构原来都是正科级设置，每个机构算一正一副两名领导干部，就有三正三副六个领导人员需要安置。而新成立的执法大队，正职由局长兼任，只有最多两名副职岗位可以安置，市上是副处级，县区还都是副科级岗位。
低职高配、超职数安置问题，都属于违规行为，显然需要分流至少四名领导干部。机构改革后，党政机构领导职数安置有限，事业单位也将整合设置，单是消化这四名领导干部，就是一个比较困难的问题：安置到党政机构，显然不可能；参公事业单位大幅减少，职位最为紧张；安置到纯事业单位，不仅事业职数也在大幅减少，而且本人会失去参公身份，也不现实。
这个困难和问题，在市、县两级，都普遍存在。二是机构隶属地方管理，对非本地人员安置造成矛盾和困难。垂直管理时，市以内各县区干部交流，各地的公路段（局）、运管局都存在大量非本县工作人员，尤其是管理层。省以内垂直管理，则会存在跨市交流。人员随职能划归地方后，跨县、跨市交流、调动，难度之大无法想像，除了极少数领导干部，其他人基本上没有了可能。
对于家在外县市的人员来讲，每月的工资连路费、吃住都不够，生活成本上升，工资收入下降，如何能够安心工作？而且长期在异地工作，与家庭、配偶、子女、父母两地分离，也不符合人性化管理，这一问题在各地已经造成不同程度的上访现象。其他还有机构臃肿需要精简的问题，编制需要在地区内平衡的问题，参公人员分流安置到事业单位的身份保留问题，工勤人员分流到事业单位待遇降低的问题，等等，都需要在市县事业单位机构改革中，统筹考虑，加以妥善解决。
