装袋过程与其他食用菌品种一样，都是以人工辅助装袋机来完成。装袋过程中应注意以下几项。【1】挑选出不合格料袋。装袋过程中，要挑选出有微孔、破损等有质量问题的塑料袋，这样的菌袋会给后续的灭菌和养菌、带来负面影响，不能使用。【2】降低塑料袋的破损。装袋过程中，一定要调节好装袋机，避免机械对塑料袋的伤害，致其出现破损，降低坏袋率，降低生产成本。
【3】装料份量要足。标准的塑料培养料袋，有些装料数量的要求，装料时要注意料的紧实度，既要饱满，也不能过撑，更不能装料过少。料的份量过多或过少，都对生产成本造成一定的影响。【4】扎好培养料袋口。料袋装料完毕，一定要扎紧袋口，避免挪动时，出现撒料现象，使培养料松散，造成必须返工，重新装袋的后果，造成人工及材料的浪费。
五，灭菌。鲍鱼菇种植培养料的灭菌，依然是可以常压灭菌，也可以高压灭菌，小规模种植者多以常压灭菌为主要方式。灭菌过程中要注意以下问题。【1】培养料袋摆放合理。灭菌时，培养料袋要摆放进灭菌仓，在摆放时，要注意摆放整齐，注意料袋间要有合理的间隙，过于紧密，影响蒸汽运行，影响灭菌效果，过疏，又会减少摆放数量，可能增加，灭菌总次数，浪费能源。
【2】灭菌仓封闭严实。菌袋摆放完毕，要密闭灭菌仓，必须保证灭菌仓的严实度。特别是常压灭菌时，很容易忽略，造成灭菌仓透风、漏气，这都会影响灭菌效果。【3】排尽灭菌仓内冷气。灭菌仓密闭后，仓中均存在冷气。不论是常压灭菌，还是高压灭菌，都必须排净，仓中冷气。⑴常压灭菌。常压灭菌在灭菌仓温度达到100℃时，打开排气孔，当排气孔排出的全是热气后，继续排气15分钟左右，封闭排气孔。
⑵高压灭菌。灭菌仓温度达到121℃，压力达到0.105Mpa时，打开排气口，直至冷气排尽，关闭排气孔。⑶冷气存在的危害。灭菌仓内冷气存在，在蒸汽输入后，会在仓中形成不易升温的冷死团，冷死团在仓中运动，阻滞蒸汽不能到达冷死团所处位置，造成灭菌不彻底，不能达到灭菌效果。【4】保证灭菌时长。灭菌过程中，常压灭菌要求灭菌仓在100℃下，保持12小时以上，期间出现降温要重新计时。
高压灭菌要求灭菌仓在121℃，压力0.105Mpa的条件下，保持90~120分钟。这样才能真正的使培养料被蒸汽蒸透，才能有良好的灭菌效果。【5】保证焖锅操作。所谓的焖锅，就是灭菌时长达到，停止供蒸汽，但不把培养料袋从灭菌仓中移出，而是继续放在仓中，放置10小时以上，以增强灭菌效果。这是相对于常压灭菌所言，高压灭菌不存在这种操作。
