凭借这四方面的优势辅佐天子，扶持正义，征伐叛逆，谁敢不从？袁绍强大有何用？”太祖很高兴。荀彧又说：“不先攻取吕布，河北也还是不易谋取。”太祖说：“你说得极是。我所困惑的，是又担心袁绍侵扰关中，引发羌人、胡人作乱，向南勾引蜀、汉中二郡的刘璋；那样我将单独以兖、豫二州抗击天下兵力的六分之五，那该怎么办呢？”荀彧说：“关中将帅数以千计，没有人能统一起来，只有韩遂、马超最强。
他们见崤山以东地区正在争战，必定各自拥兵自保。现在如果以恩德招抚他们，派遣使者与他们通好，维持和好，即使不能长久安定，但至少在您平定山东之前，足以不生变动。关西的事情可以托付给钟繇，这样您就可以放心出征了。”建安三年(198)，太祖已击破张绣，东擒吕布，平定徐州，进而与袁绍相抗衡。孔融对荀彧说：“袁绍地广兵强，有田丰、许攸等谋臣替他出谋划策，审配、逢纪等忠臣为他干事，颜良、文丑勇冠三军，为他统领军队，恐怕很难战胜啊！”荀彧说：“袁绍兵虽众而法令不整肃，田丰刚愎而好犯上，许攸贪婪而不检束，审配专权而无谋，逢纪果决而刚愎自用，这两人料理后方，如果许攸家犯了法，一定不会放过，不宽纵，许攸必然叛变。
至于颜良、文丑，不过匹夫之勇罢了，可以一战而擒！”建安五年(200)，与袁绍连续交战。太祖保守官渡，被袁绍包围。太祖军粮将尽，写信给荀彧，与他商议可否退兵许县以引开袁绍军队。荀彧回信说：“眼下军粮虽少，还比不上楚、汉在荥阳、成皋之间那样艰难。当时刘、项双方都不肯先退，先退的一方必定处于被动。您以仅及敌之十分之一的兵力，就地坚守，扼住敌人咽喉使其不能前进，已经半年了。
敌人的底细已经清楚，锐气已经枯竭，局面必将有所变化，这正是使用奇谋的良机，不可失去啊！”太祖于是留了下来。进而以奇兵偷袭袁绍的其他军营，斩杀了他的大将淳于琼等，袁绍退走。审配因为许攸有不法行为，收捕其妻儿，许攸一怒之下背叛了袁绍；颜良、文丑被阵前斩首；田丰由于劝谏而被杀，一切正如荀彧所预想的那样。建安六年(201)，太祖为筹粮到了东平国的安民县，粮食太少，不足以与河北相峙，想要趁袁绍刚败，利用这个空隙讨伐刘表。
荀彧说：“现在袁绍失败，部众离析，应趁此机会，一举平定河北；我们背靠兖州、豫州，如远征江、汉，这时袁绍要是收其残部，乘虚攻击我们的后方，您的大事就完了。”太祖于是再次驻军于黄河岸边。袁绍病死，太祖渡过黄河，袭击袁绍之子袁谭、袁尚；而高干、郭援侵略河东郡，关右震动，钟繇率马腾击败了他们。此事详情在《钟繇传》中另有记载。
建安八年(203)，太祖登录荀彧前后的功绩，上表请封荀彧为万岁亭侯。建安九年(204)，太祖攻下邺城，兼任冀州牧。有人劝太祖：“应恢复古代区划，设置九州，那么冀州所控制的地盘广大，天下就会服从您了。”太祖将采纳这个建议，荀彧说：“如果这样，冀州应包括河东、冯诩、扶风、河西、幽州、并州的地盘，所夺占囊括的地方众多。
过去您打败袁尚，捉住审配，全国震惊，必定人人害怕不能保住自己的地盘，拥有自己的军队；现在使他们分属冀州，将会人心紧张。况且很多人在劝说关右诸将闭关自守；现在听到这个消息，以为是对他们一个一个地攻夺。一旦关西发生变乱，即使有守善之人，威迫之下也会为非作歹，那么袁尚得以宽限死期，袁谭也会心怀二意，刘表因此保守江、汉之间，天下就不那么容易平定了。
希望您迅速领兵先平定河北，然后修复旧都洛阳，南征荆州，指责刘表不向朝廷进贡，那么天下都了解您的心意，人人安心；天下完全平定后，再计议恢复古制，这才是国家长久的利益。”太祖于是搁置了恢复古制的计划。这时荀攸已经是太祖主要的谋士。荀彧的哥哥荀衍任监军校尉驻守邺城，统领河北军事。太祖征讨袁尚时，高干暗地派士兵偷袭邺城，荀衍事先察觉，全部诛杀之，因功被封为列侯。
太祖将女儿嫁给荀彧的长子荀恽，后称安阳公主。荀彧、荀攸均权重显贵，但都谦虚节俭，得到的赏赐、俸禄都分给宗族故里，自家并无余财。建安十二年(207)，又增加荀彧的封邑一千户，合计二千户。太祖将征讨刘表，问荀彧将采用什么计策，荀彧说：“现在中原地区已经平定，南方的处境就困难了，可以明里出兵宛、叶二县，而暗中抄小路轻装行进，打他个出其不意。
