趁他未定去说服他，即使不能为我所用，也可让他保持中立；如果先猜疑他，他将会被激怒而与张邈合谋。”郭贡看到荀彧毫无惧意，认为鄄城不易攻下，因此领兵离去。荀彧又与程昱计议，让他去说服范和东阿二县，最终保全了三座城，以等待太祖。太祖从徐州回师，在濮阳击败了吕布，吕布向东逃去。兴平二年(195)夏天，太祖驻军乘氏县，发生饥荒，竟出现了人吃人的事。
这时陶谦已死，太祖想趁机夺取徐州，回师再平定吕布。荀彧说：“先代汉高祖保守关东，光武帝占据河内，都是先巩固基地以控制天下，这样进可以制胜，退可以固守，所以虽有困难曲折却终于完成大业。将军本来是凭兖州起事，平定山东祸乱，百姓无不心悦诚服。况且兖州跨黄河、济水，是天下要冲，现虽残破，但还容易自保，此地就是将军您的关中、河内，不得不先稳定它。
现在已击溃了李封、薛兰，如果分兵东击陈宫，陈宫必定不敢西顾，我们趁机组织队伍收割麦子，节约粮食，储备谷物，可以一举打垮吕布。然后向南联合扬州的刘繇，共讨袁术，以控制淮水、泗水一带。如果舍弃吕布不打而东攻徐州，多留守兵则攻城不够，少留守兵就会征百姓也来守城，不能打柴拾草。吕布乘机侵扰杀掠，民心将更恐惧，只有鄄城、范、卫三处可以保全，其余的地方都不为我们所有，这样就等于失去了兖州。
要是徐州攻不下，将军将安身于何处？何况陶谦虽死，徐州也不易攻破。徐州已鉴于往年的失败，将会因畏惧而紧密联合，内外相应。现东方都已收麦，必会坚壁清野以防将军；将军久攻不下，抢掠又无收获，不出十天，十万人马尚未开战自己先已困乏了。上次讨伐徐州，实行了以暴力相惩罚，徐州子弟想到父兄被杀的耻辱，必定会誓死奋战，没有投降之心，即使能攻下徐州，还是不能占有它。
天下确实有舍这取那的事，以大换小，是可以的，以平安换危险，是可以的；权衡一时的形势，不顾忌根基不稳固，也是可以的。现今三者无一有利，希望将军对这种情况细细权衡。”太祖这才打消了攻徐州的念头，大力收割麦子，再次与吕布交战，分兵平定各县。吕布败走，兖州因此而平定。建安元年(196)，太祖击败黄巾军。汉献帝从黄河以东返回洛阳。
太祖想迎献帝迁都许县，有人认为山东尚未平定，韩暹、杨奉新近迎天子到洛阳，北面联合张杨，尚不能即刻控制他们。荀彧劝太祖说：“从前晋文公迎周襄王返回而诸侯服从，汉高祖东征项羽，为义帝穿素服发丧而天下归心。自从天子蒙乱，将军您首先倡导义兵勤王，只是因为山东地区纷扰战乱，还不能远赴关右，但还是分派将领，冒险与朝廷通使节，虽挽救国难于朝廷之外，而心无时不系于王室，这是将军诚扶天下的一贯志向。
现今天子已返回京城，而洛阳又狼藉不堪，一片荒芜，义士有保朝廷的想法，百姓感念旧主而更增哀伤，如能趁此机会，拥戴天子以顺从民心，这是大顺；秉持大公无私之心以使天下豪杰归服，这是大略；主持正义以纳英才俊杰，这是大德。这样，天下虽有人叛逆，必定不会成为我们的忧患，这是很清楚的。韩暹、杨奉岂敢为害？如不及时扶正朝廷，天下将生叛离之心，以后即使考虑此事，也来不及了。
”于是太祖到了洛阳，迎接天子迁都许昌。天子任命太祖为大将军，提升荀彧为汉侍中，代理尚书令。经常居于朝中理朝政，太祖虽征战在外，军国大事都要与荀彧筹划。太祖问荀彧：“谁能替代您为我出谋划策？”荀彧说：“荀攸、钟繇。”原先，荀彧谈到出谋划策之士，曾举荐了戏志才。志才死后，又推荐了郭嘉。太祖认为荀彧知人善任，他所推荐的人大多是称职的，只有严象为扬州刺史，韦康为凉州刺史，后来兵败身亡。
自从太祖迎奉天子之后，袁绍心中不服。袁绍已经兼并了黄河以北各郡县，天下人都畏惧他的强大。太祖正在忧虑东边的吕布，抗拒南边的张绣，而张绣在宛县打败了太祖军。袁绍更加骄横，给太祖写信时，言辞无礼而傲慢。太祖大怒，出入举止不同于常，众人都说是因败于张绣的缘故。钟繇就这事问荀彧，荀彧说：“曹公是聪明人，必定不会追咎往事，可能是为其他事忧愁。
”于是见太祖而询问，太祖便将袁绍的信给荀彧看，说：“我现在想讨伐不义，可力量敌不过他，怎么办？”荀彧说：“古来较量于成败场上的，如果真有才能，纵然弱小，也必将变得强盛；如果是庸人，纵然强大，也会变得弱小。刘邦、项羽的存亡，足以可以使人明白这个道理。现今与您争天下的人，只有袁绍了。袁绍这人貌似宽容而内心狭窄，任用人才却疑心太重，您明正通达，不拘小节，唯才是举，唯才是用，这在度量上胜过袁绍；袁绍遇事迟疑犹豫，少有决断，往往错过良机，您能决断大事，随机应变，不拘成规，这在谋略上胜过袁绍；袁绍军纪不严，法令不能确立，士兵虽多，却不能巧为任用，您法令严明，赏罚必行，士兵虽少，却都奋战效死，这在用兵上胜过袁绍；袁绍凭其名门贵族，装模作样，耍小技而博取名誉，所以士人中缺乏才能而喜好虚名者大多归附于他，您以仁爱之心待人，推诚相见，不求虚荣，行为谨严克己，而在奖励有功之人时无所吝惜，因此天下忠诚正直、讲求实效的士人都愿为您效劳，这在德行上胜过袁绍。
