然后一个大原因就是万历皇帝有腿疾，行动不便。史书上就有记载:诸多大臣指责万历皇帝不上朝，而万历皇帝向他们解释自己的腿不好，无法上朝。这一点从现在挖掘的墓地中也可得出万历皇帝确实有很严重的腿疾。 最后是因压抑太久，具有叛逆心理。一个十岁的孩子当皇帝，本是好玩的时候，却不得不受到张居正等大臣教导，学习治国理念，会产生不满之情也不为过。
稍长后，自己的权力受到限制，不能做自己喜欢做的事，做任何事都要规规矩矩，怨恨之情由然而生，致使张居正去世，万历皇帝将其就抄家灭口。没人管，可以放纵自己，打破三点一线（金銮殿，养心殿，乾清宫）的局面。 接下来说一说万历皇帝不去早朝，如何镇压群臣。 其一，在这里我们要明确一个道理，不上早朝不代表不管政事。
虽然万历皇帝不上朝，但是他还是看奏折，遇到紧急要事也会叫大臣来皇宫内殿讨论，如万历三大征这就是用此方法颁布的且取得胜利，至于那些小事交由内阁处理就行。其二，掌握军权。万历皇帝早年因成为傀儡的经历，注重对军权的掌控。也正因为有军权在手，才无所畏惧。其三，设有内阁制度，监察制度。把丞相的权力分发给内阁，让内阁察看统计，但最后的决策权还是在皇帝手上。
万历皇帝长达30年不愿上朝，为何自己没有被彻底架空？
根据我的记忆，万历皇帝隐藏深宫二十五年以后，再次面见群臣，是梃击案以后。梃击案是当时明朝一件特别大的事，逼得万历皇帝不得不走出深宫面见群臣。其大体过程如下：万历皇帝宠爱郑贵妃，要立郑贵妃所生的皇子朱常洵为太子，群臣和李太后坚持立皇长子朱常洛，因此引发“国本之争”，最后，万历皇帝理屈又势单力薄，只好低头，立皇长子朱常洛为太子，朱常洵为福王。
郑贵妃虽然为儿子第一次夺嫡失败，可是她恃宠而骄，并不死心，搞出了“妖书案”，以致群臣对她的野心更加戒备。多年以后，郑贵妃又暗中策划谋害太子朱常洛。郑贵妃跟自己的弟弟暗谋，让亲信太监将一个乡下人张差引入太子宫，并给张差一根梃棍，唆使张差见人就打，最后张差被太子宫太监制服。史称梃击案。一开始，这个张差被判为疯癫，支持太子的百官，特别是内阁辅臣们自然不会罢休，让郑贵妃把这件事蒙混过去，他们明察暗审以后，发现最后的矛头指向了郑贵妃的弟弟和手下两个亲信太监。
于是上百件奏疏如雪花一般都涌向大内，万历皇帝包庇郑贵妃，将这些奏疏一概留中不发。奏疏留中，就是留在大内，不发还群臣，而正常情况下，明朝皇帝是不能将大臣的奏疏留中的，要批红盖印以后，发还给臣子。留中的事，以前确实发生过，比如万历皇帝的老爹隆庆皇帝曾经将大臣奏疏留中，遭到内阁首辅高拱的严厉批评。万历皇帝少年时，国家大事外有张居正，内有冯保和李太后，所以万历皇帝不敢把奏疏留中，也没有这种想法。
可是张居正一死，继任的首辅申时行就教给了万历皇帝将奏疏留中的偷懒办法，因此，万历帝养成了这种坏习惯。万历帝这次把百余件奏疏留中，很明显在包庇郑贵妃，而群臣一点也不给皇帝面子，他们认为如果不严办这件事，会动摇太子朱常洛的地位，岂不是让郑贵妃得逞了？甚至群臣怀疑万历皇帝要废了太子朱常洛。他们一边继续上疏万历帝，一边去游说太子站出来说话。
可是呢，太子朱常洛因为自己是宫女所生，本来就不招万历皇帝喜欢，于是，不想惹事，要明哲保身。万历皇帝看到这么多奏疏，里面证据确凿，也不能不动摇，从而怀疑郑贵妃真的要害太子，但是他又想包庇郑贵妃，因此，万历皇帝就跟太子朱常洛沟通了一下，想出了一个两全其美的办法，既给群臣一个交代，又不连累郑贵妃。万历皇帝在隐藏深宫二十五年以后，第一次召见了群臣，他跟太子一起出现在群臣年前，父子二人装作父慈子孝的模样，告诉群臣，父亲没有废太子的意思，也不容许别人阴谋废除太子，儿子告诉群臣，我们父子关系好着呢，你们这些大臣别乱猜，都歇了吧。
看到没，父子二人压根就没提郑贵妃的事，就这样，万历皇帝把郑贵妃给保下来了。可是，郑贵妃保下来了，太子也没追究，那个在太子宫打人的张差，和指使他的人，就成了替罪羊。两个直接执行这件事的太监，被偷偷的做掉了。群臣一看，万历这么护着郑贵妃，太子又不愿意追究，也没办法，之前牵扯这件事的太监被定了罪，弄死了，算是有个表面的结果，大家也就认了。
