在劫机事件发生五分钟后，一个叫做Betty Ong的乘务员偷偷将消息报告给了美航东南部订票办公室，办公室的工作人员随即报了警，但警方并未第一时间通知军方。当恐怖分子在尝试与乘客进行讲话的书时候，误将通话频道连接到了塔台，这更是暴露了飞机被劫持的现实，但航空公司只是在对飞机的飞行轨迹进行跟踪，警方也只能在地面干着急。
所以说，在劫机发生后的第一时间，美国警方就知道有人劫持了飞机，但包括乘客和警察在内的所有人，都以为这只是一起普通的劫机事件，并没有人想到后来将发生严重的恐怖袭击。而之所以没有人想到这是一次恐怖袭击，是因为美国历史上从未发生过用飞机来当恐怖袭击武器的先例，这才导致包括航空公司和警方在内的所有人，都在考虑如何在飞机降落之后解救乘客。
后来，飞机上有好几拨求救信号发送到了地面，警方因此掌握了劫机者刺伤两名乘客和驾驶室被控制等重要信息，但就是没有人想过劫机者为何不向乘客索要钱财，他们又为什么要自己驾驶飞机？只能说，没有人及时分析出恐怖分子的真实意图，这才让恐怖分子可以肆无忌惮地开着飞机在空中飞行，没有遇到美军军方的任何阻力。其实，即使美国军方知道了恐怖分子的真实意图，他们也来不及做出任何反应，因为从飞机被劫持，到飞机最终撞向世贸大厦一号楼，前后时间只有不过半个小时。
飞机是在9月11日上午8点14分被劫持的，警方是在8点21分才得知飞机被劫持的，但到了8点46分的时候，飞机就以490公里的时速撞向了世贸大厦一号楼，留给军方反应的事件只有25分钟，并且军方还不知道这件事。事实上，即使在事件发生之后，也没有人会联想到这是一次恐怖袭击，很多人甚至觉得是飞机在被劫持之后，因为劫机者操作不当而意外跟地面建筑相撞的！因为在此之前，美国国内虽然也发生过恐怖袭击，但是像这种用民航飞机来搞恐怖袭击的方式，美国人从来就没有见过，也无法想象。
在事情发生后不久，美国军方终于得知了消息，并且通知了美国总统小布什。当时小布什正在佛罗里达一所小学跟小朋友们一起上课，当他得知世贸大厦被民航飞机撞上之后，他表情木衲，不知所措。还没等小布什反应过来，第二架飞机在9点03分撞向了世贸大厦二号楼的消息就被工作人员告知于他，他这才起身离开，在跟幕僚商议之后，对外发布了美国遭受了恐怖袭击的消息，然后说了很多安抚民众的话。
我们可以发现，当第二起事件发生之后，美国高层已经明确这是恐怖袭击了，而不是普通的劫机事件。第二架飞机也是美国航空公司175号航班，也是从波士顿飞往洛杉矶的。跟第一架飞机一样，第二架飞机的的驾驶员也被劫持或者杀害了，恐怖分子驾驶着飞机在美国人的注视下撞向世贸大厦二号楼，悲剧在仅仅间隔了十几分钟之后再次发生。
如果说这样的事件发生一次只是简单的劫机事件的话，那么出现两次就绝对是有组织有预谋的恐怖袭击了，这也是美国高层判断事件性质的主要依据之一。小布什在确定美国正在遭受恐怖袭击之后，他果断下令军方采取行动。当然了，小布什并不知道恐怖分子会不会发起第三次袭击，但为了以防万一，必要的防范措施还是要做的。美国军方开始监视美国境内所有异常飞行的飞机，包括民航飞机和军用飞机，特别是那些偏离既定飞行路线的飞机，是最为重点的排查对象。
9点10分，美国航空公司从华盛顿飞往洛杉矶的77号航班失去联系，美航总部怀疑它也被劫持了，于是在全国范围内下达了禁飞令，禁止所有飞机再起飞。既然发现了疑似被劫持的飞机，那么小布什采取了什么措施呢？很遗憾，当时小布什是懵的，他甚至连空军一号都不敢上，而是在学校的一间教室里跟幕僚们紧急商议对策。远在华盛顿白宫地下掩体的副总统切尼征求了各方面意见之后，也紧急下达了在全国范围内实施禁飞令的命令，他还指示军方，一旦发现可疑飞机进入华盛顿上空，必要时可以将其击落！也就是说，军方有击落恐怖分子劫持的飞机的机会，是在第三次恐怖袭击的时候。
军方在得到授权之后，两架F-15战斗机从马里兰空军基地快速起飞，但飞机驾驶员得到的命令是拦截而不是击落，所以他们在没有装载导弹的情况下就起飞了。事实上，当时很多人都没有反应过来，包括美国军方的一些人士，也没有意识到问题的严重性，因为谁会想到在美国本土会有需要用导弹击落飞机的情况发生呢？要知道美国可是世界上防空能力最强大的国家啊，要想在美国上空搞事情，难度很大，也难怪F-15战斗机不装载导弹就飞上天去了。
