明朝在各地建立了大量的卫所，这有点类似于唐朝时代的府兵制，不过明朝的卫所与唐朝的府兵有个极其显著的不同，那就是士兵的属性。唐朝的府兵更像是屯兵之下的自耕农，他们战争时期是士兵，但平时并不受约束，所以太平时期生产的积极性很高，唐朝的府兵也比较成功。然而明朝的卫所制之下，军户身份世代世袭无法改变，而且他们只能生活在固定范围，田地还归于卫所不归自己，这么一来就造成了很多的问题。
明朝后期大量卫所出现田地兼并，军户被欺压奴役，导致军户出逃与战斗力剧减，朝廷只能贴钱养卫所，但这又造成了巨大财力负担，而且军队的战斗力仍旧没得到提升。刚开始的时候，倒是也没什么，朱元璋乃至于朱棣时期，明朝的卫所制虽然很多问题，但明初保留下来的强悍仍旧在，这才有了洪武、永乐时期多次的北伐。但接二连三的北伐，也把明朝的精锐损失得七七八八，尤其靖难之变中，为了夺权的朱棣抽调大量北方精锐，导致明朝北界内撤，对于蒙古的防御也愈发虚弱。
蒙古虽然整体上人数不多，力量不强，但蒙古铁骑的机动性非常强，他们化整为零，对明朝往往采取游击战，而这种消耗是明朝很难承受的。明朝的北伐往往是大规模的，可组织大兵团作战，后勤是巨大的难题。蒙古对付明朝，一般就是敌疲我打，敌进我退，反正蒙古人习惯了游牧，与明朝出兵巨大的成本比起来，蒙古对明朝的袭扰作战，要容易很多。
永乐时代的北伐成效并不算多明显，鞑靼没被平定，反而让瓦剌做大，而且明朝也因此消耗极其巨大，所以到了宣宗时期明朝全面战略收缩，下西洋停止，同时从安南撤军。明英宗时期，发生了著名的土木堡之变，这个时候北方强悍的瓦剌直接将明英宗俘虏，而且经过英宗的这么折腾，明朝的三大营与大量的精锐，全都消耗殆尽。北京保卫战获得成功，但是在此之后，明朝的军力，已经很难再大规模去对付蒙古。
更何况，明朝自身的其他麻烦事儿也一大堆，比如东南沿海的倭患，朝堂上的各种倾轧，都无日无休，而且对明朝皇帝来说，永乐大帝都没解决的麻烦，自己实在没那个能耐。再者，中原王朝有个传统，那就是“王道”，戎狄蛮夷，只要称臣归顺，那么就不应该下狠手将其完全铲除，这成了个很大的麻烦来源。明朝强盛占优势的时候，蒙古通常主动示好，可一旦明朝衰弱，蒙古就加强袭扰进攻，但眼见风向不对，也可以立刻和谈，只要示弱，那么自恃天朝的明朝，就不会再多做追究，整个明朝时期，蒙古问题一直都没能得到解决，当然除了前期，蒙古大多数的时候对于明朝也并没有造成多么大的威胁，只不过明朝长期处于防守状态，这很吃亏。
清朝三把软刀子搞定蒙古说起清朝时期满洲与蒙古的关系，有个绕不开的话题，那就是满蒙联姻。原本女真崛起与大明作对的时候，力量还是弱小，所以努尔哈赤想着联合蒙古，而进行联盟的主要方式之一，就是联姻。长达三个世纪的时间，大量蒙古贵女嫁入满洲皇室，而也有许多的满洲宗女远嫁蒙古，清朝的后宫当中，出身蒙古的后妃比比皆是，清代的皇帝也大多有蒙古血统。
像是著名的孝庄太后，其就出身蒙古科尔沁部，顺治帝与后来的皇帝，自然也有了蒙古血脉。皇太极的九位后妃之中，有六个来自蒙古，他自己还将十个女儿都嫁给了蒙古贵族。整个清朝的满蒙联姻多达586次，到乾隆时期达到高峰状态，这样的联姻使得蒙古与满洲之间形成了十分密切的利益关系，这被称作“南不封王，北不断亲”。清朝皇帝看重蒙古，而蒙古大量的王公也都迎娶了清朝的宗女，他们的孩子也大多都带着满洲的血脉，这么一来，想要互相为敌的可能性也就大大降低。
如果仅仅是通过联姻，自然是不可能完全驯服蒙古，至少清朝不这么觉得，毕竟以往朝代的和亲也很多，但效果也不是多么明显，要打的时候还是会打起来。于是清朝有了第二个法子，叫做“分封以制其力”，这个法子有点类似于汉朝的推恩令。蒙古分成很多的部落，各部落一盘散沙就难以强大，当年蒙古强盛，就是因为成吉思汗将各部落统一了起来，如果要蒙古难成气候，最好的办法就是让他们无法统一。
清朝想清楚之后，就在蒙古推行“众建诸侯”的办法，大规模册封蒙古贵族王公，划定他们的辖区与部落范围，让游牧的蒙古变成驻牧制，在一个地方固定下来。与此同时，与清朝更加亲近的漠南蒙古，施行盟旗制度，与内地的府州县类似。这么一来，使得蒙古草原上的部落们彼此之间失去了有效联系，其牧场不能随便迁移，而且各部落直接由清朝管理，使得蒙古各部变成散沙状态，难以握拳。
