道光三十年（1850）正月，道光帝驾崩，在临终前，道光帝亲授顾命，让族孙载垣为顾命大臣（之一），辅佐即将继位的皇四子奕詝（咸丰帝）。而咸丰帝即位后，也一直信任和倚重载垣，让他出任要职，参与朝政，掌握中枢大权。咸丰十年（1860年）七月，载垣于危急时刻被咸丰帝任命为钦差大臣，与入侵的英法联军展开谈判。但是谈判最终破裂，英法联军在击败清军的抵抗，攻入了京师。
咸丰帝被迫以“木兰秋狝”的名义匆匆逃往热河避暑山庄，载垣等重臣奉命随扈一同前往。咸丰十一年（1861年）七月，咸丰帝驾崩于避暑山庄，临终前他再授予载垣顾命之责，让他以“赞襄政务大臣”的名义、与郑亲王端华、户部尚书协办大学士肃顺等七人共同辅佐皇长子载淳登基，并主持中枢政务，并明确“顾命大臣”中以载垣为首（实际是以肃顺为首）。
载垣“两受顾命”、“两辅新君”，权势和地位达到了其一生的顶点（这个待遇在名义上甚至比胤祥当年的议政王大臣地位还要高）。咸丰帝驾崩后，顾命大臣们拥立其独子载淳登基，即同治帝（当时拟定的年号是祺祥）。不过同治帝登基后顾命大臣们和咸丰帝皇后钮钴禄氏（慈安太后）、同治帝生母叶赫那拉氏（慈禧太后）之间因为最高权力的控制和分配产生了尖锐的矛盾，乃至于不可调和。
争吵最激烈的时候，小皇帝载淳都被吓哭、甚至尿了裤子。两宫皇太后因此深恨辅政的载垣、端华、肃顺等人，欲除之后快。咸丰十一年（1861年）九月，在奉咸丰帝灵柩自避暑山庄返京途中，两宫皇太后秘密和早就暗中联络多时、制定了抓捕顾命大臣计划的咸丰帝六弟、恭亲王奕䜣合谋，设计将顾命大臣中的实际首脑肃顺和其他七人分开，然后突然在京师和密云两处发动政变，把载垣、端华、肃顺等顾命八大臣全部拿获，一举夺回了朝政控制大权。
咸丰十一年是辛酉年，所以两宫皇太后和恭亲王奕䜣所发动的政变被叫做“辛酉政变”。又因为小皇帝载淳初定的年号是“祺祥”，因此后世史书上也称为“祺祥政变”。而两宫皇太后在政变成功后即改年号为“同治”，意在“协同治国”之意。在夺回权力控制权后，两宫皇太后以同治帝的名义下旨，将肃顺斩首弃市，怡亲王载垣和郑亲王端华则免除显戮、“开恩赐死”，在宗人府内赐白绫自尽。
载垣被赐死时，年四十六岁。他的被杀对怡亲王一系是一次最为严重的打击，世袭的怡亲王王爵因此几乎被废除。同治元年二月（1862年），载垣被赐死半年之后，两宫皇太后已经开始了“垂帘听政”，为了收伏人心、也为了团结宗室，两宫皇太后以怡贤亲王胤祥功勋卓著、恩泽后人，其世爵不应因宗子有罪而彻底废封，于是以同治帝的名义下旨将怡亲王大宗封爵返还，但暂时没有直接归还亲王爵位，而是降为不入八分辅国公，以彰显载垣之罪不可轻易免除。
载垣的罪行十分严重，所以以他为代表的怡亲王大宗（怡僖亲王弘晓直系后裔）在朝廷返回封爵之后还是被取消了承袭资格，另以怡亲王小宗——胤祥第三子弘暾的玄孙载泰为新的怡亲王宗子，承袭朝廷返还的不入八分辅国公爵位，并代替原本的大宗—怡僖亲王弘晓一系，主持怡贤亲王胤祥及诸代怡亲王的祭祀（不包括载垣）。从此，原本的怡亲王大宗—怡僖亲王弘晓的直系后裔们在同治二年（1862年）之后再也没有了大宗资格，只被象征性地保留了两个奉恩将军爵位（清朝宗室爵位中最低一级），就此退出了怡亲王世序传承，实际上已经被废黜世袭亲王爵位。
同治三年（1864年），朝廷收复了江宁，因此对诸宗室及朝廷重臣加恩授爵，封赐甚厚。在“辛酉政变”中被废黜世袭罔替资格的怡亲王封爵，也因此得以复封。这一年七月，两宫皇太后以同治帝的名义册封怡贤亲王胤祥第四子宁良郡王弘皎的玄孙奉恩镇国公载敦为怡亲王，并恢复了怡亲王封爵的世袭罔替资格，载敦也是第七代怡亲王。
而原怡亲王府宗子、不入八分辅国公载泰则改袭因载敦入继怡亲王而遗留下来的弘皎后裔封爵——奉恩辅国公（宁良郡王弘皎在乾隆时期被取消世袭罔替资格、改为降等承袭，三降后以奉恩辅国公世袭传承）。载敦在承袭了世袭的怡亲王爵位后，朝廷追封他的曾祖永福（弘皎次子）、祖父绵誉（永福第四子）、父亲奕格（绵誉第三子）为怡亲王，改为怡亲王大宗世系。
