但是同以上的知府事、权知州军事一样，知县事并不是正式的地方官，它只是代理。而直到明朝建国后，知县才正式成为一县的最高行政长官，《明史.卷七十五》载“知县，掌一县之政”，并给予了正七品的品级。到了清朝则遵循明制，知县依然是作为正七品的一县之长。知府、知州和知县有何区别？首先在知道他们的区别之前，我们要知道明清时期的行政区划是“省-府-县”和“省-府-州-县”并行的一个制度(当然清朝还出现了道这一行政区划)。
而在明清时期省辖府和直隶州，而府则辖县和散州，直隶州亦可辖县。所以如果从职权上来看的话，知府掌的是一府的行政事务，知州掌的是一州的行政事务，知县掌的是一县的行政事务。如果从直属关系上来看的话，他们的区别就是知府和直隶州知州拥有同等待遇，知县和散州知州拥有同等待遇，然后知县、散州知州是知府的下级，而直隶州知州有时候也会成为知县的上级。
当然如果从品级上来看区别的话，知府则是从四品，直隶州知州为正五品或从五品(明朝为从五品)，散州知州为从五品，知县为正七品。之后在俸禄上，如清朝知府的俸禄是岁俸105两，知州的俸禄是80两，知县的俸禄是45两。当然清朝还有养廉银，比如在江苏这三者一年的养廉银分别是知府养廉银是2500-3000两，知州养廉银是1000-2000两，知县养廉银是1000-1800两。
同时还是在清朝这三者在顶饰和补子上也有区别。知府的顶饰是朝冠顶饰小蓝宝石，上衔青晶石，吉服冠用青金石顶，补子图案是云雀。知州的顶饰是朝冠顶饰小蓝宝石，上衔水晶石 吉服冠用水晶石顶，补子图案是白鹇。知县的顶饰是朝冠顶饰小蓝宝石，上顶素金顶 吉服冠用素金顶，补子图案是鸂鶒。此外，在明清这三者的车舆与各种仪仗也都有区别。
这里我以明朝为例，如乘车，知府和知州的车驾可用素狮头绣带，青缦，但知县只能用素云头青带，青缦。再如伞盖，知府出行能用红浮屠顶，俱用黑色茶褐罗表，红绢裹，三檐，而知州用红浮屠顶，青罗表，红绢裹，两檐，到了知县只能用红浮屠顶，青绢表，红绢裹，两檐。再比如在马的嚼子和缰绳的使用上，知府和知州能用银，但知县就只能用摆锡。
又比如在印信的使用上，知府用的是俱铜印，方二寸五分，厚五分，知州用的是俱铜印，方二寸四分，厚四分五厘，而知县用的就只是铜印，方二寸一分，厚三分。总之在古代知府、知县和知州还有着很多的区别，由于篇幅有限，这里就不一一介绍。如果有兴趣可以去看看《明史. 舆服志》和《清史稿. 舆服志》，这里有着详细的介绍。
